Entre los principales desafíos que el desarrollo agrícola del Valle de Copiapó presenta en la actualidad, son aquellos vinculados con los temas hídricos, donde se prevé a los agricultores del Sector San Fernando-Desembocadura como los de mayor urgencia puesto que estas limitantes impiden su expansión y sustentabilidad .

- Optimizar la gestión del riego intrapredial a través de la difusión y transferencia, de conocimientos en evaluación y manejo de eficiencia de sistema de riego tradicional y presurizado, - Establecer unidades demostrativas y de investigación aplicada para definir manejos agrícolas que utilicen aguas residuales y de alto contenido de sales, - Difundir y transferir conocimientos y tecnología en evaluación y mantención de sistemas de bombeo y pozos profundos.